امروزه تجارت بین‌الملل به عنوان یکی از مهمترین عوامل توسعه و رشد اقتصادی کشورها از طریق افزایش فرصت‌های تجاری و سرمایه گذاری محسوب می‌شود. پیوستن به زنجیره مبادله بر اساس پول داخلی و حذف ارز جهانی به منظور توسعه صادرات غیر نفتی در کشورهای درحال توسعه و تحت تحریم‌های ظالمانه کشورهای غربی، زمینه بهبود رقابت‌پذیری را در این کشورها فراهم می‌کند، همچنین افزایش ارزش افزوده محصولات، سرمایه‌گذاری در تحقیق و توسعه، سرمایه‌گذاری مستقیم خارجی و ایجاد فرصت‌های شغلی را به همراه خواهد داشت.
با توجه به تجربیات جمهوری اسلامی ایران و با داشتن یک طرح جامع و ایجاد یک نهاد متولی قدرتمند برای گسترش تبادلات اقتصادی در سطح منطقه می‌توان به اهدافی از قبیل ارتقای امنیت و رفاه در سطح ملی و منطقه‌ای، افزایش اشتغال، ایجاد بازار صادراتی برای کالای ایرانی، تأمین مواد اولیه برای صنایع داخلی، خروج از رکود از طریق رشد صادرات، بی اثر شدن تحریم‌ها و تأمین امنیت غذایی کشور دست یافت.
هدف از ارائه سازمان پیشنهادی برای ستاد توسعه روابط اقتصادی ایران و سوریه، برآورده کردن و تحقق برخی اهداف فرعی می‌باشد که در نهایت منجر به تحقق هدف اصلی یعنی گسترش روابط اقتصادی بین دو کشور خواهد شد:
هدف اول: ایجاد مدیریت واحد در بحث روابط اقتصادی بین دو کشور و همسو کردن ذی نفعان مختلف کشور جمهوری اسلامی ایران در ارتباط با توسعه روابط اقتصادی و استفاده از برآیند امتیازات اقتصادی ذی نفعان مذکور و اجتناب از فعالیت های موازی و ایجاد یک وحدت رویه و انسجام در پیگیری‌ها
هدف دوم: تسهیل‌گری یکپارچه مشکلات موجود در روابط اقتصادی بین دو کشور در خصوص امور مربوط به حمل و نقل، روابط بانکی، بیمه‌ای، ضمانت‌نامه، گمرک، صادرات، سرمایه‌گذاری‌ها و ...
هدف سوم: هدایت‌گری تجار و کمک به آنها تا راه اندازی تجارت مورد نظر
هدف چهارم: پیگیری یکپارچه موافقتنامه‌ها و تفاهمنامه‌های مشترک امضا شده بین دو کشور و اجرایی کردن آنها و همچنین کمک جهت تهیه توافقنامه‌های جدید بین دو کشور
هدف پنجم: تداوم فعالیت‌های سازمان از منظر یک سیستم اداری